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如果在系统和pe下操作同样文件到同一地方却造成这种差异的话，但应该不关硬件的问题。
你又排除了驱动和病毒的原因，想问下你用的是什么系统，什么硬盘（pata还是sata），问题出现前做了什么之类的。
现在只能试：1是开了dma模式，2是把分区属性里常规项下的索引服务去掉试下。或者用硬盘测速软件来测试下速度。

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什么时候买的机器，有些旧的主板要安装raid tool之类的软件才能正常识别sata硬盘的。
或者试试重装主板驱动。